Éclosion de fièvre typhoïde d'origine locale liée à un porteur chronique à Ottawa, Canada, 2018–2022
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : Au Canada, les infections au sérovar Typhi de Salmonella enterica sont rares et généralement liées aux voyages.En novembre 2021, Santé publique Ottawa a établi un lien entre deux cas de fièvre typhoïde (sans antécédents récents de voyages internationaux) et un même comptoir de produits prêts à consommer d'une épicerie.Objectif : Ce rapport décrit la réponse à un rare cas de portage chronique de S. Typhi à Ottawa (Ontario, Canada), et fournit des recommandations pour les enquêtes sur les éclosions prolongées à petite échelle.Méthodes : Nous avons passé des questionnaires d'exposition à l'aide d'un seul intervieweur, testé des échantillons de selles de contacts et de manipulateurs d'aliments, inspecté des locaux alimentaires, collecté des échantillons d'aliments et examiné des reçus de plats à emporter.Des analyses de réseaux sociaux, des analyses spatiales et des analyses de séquençage du génome entier ont été utilisées pour étudier d'autres liens possibles entre les cas.Résultats : Sept personnes atteintes de fièvre typhoïde apparues entre octobre 2018 et mai 2022 ont été liées à un porteur chronique asymptomatique de S. Typhi.Le séquençage du génome entier a confirmé que les huit isolats correspondaient au groupe de l'éclosion.Tous les cas et les porteurs résidaient dans un rayon de huit kilomètres à Ottawa.Le porteur chronique travaillait en tant que manipulateur d'aliments dans divers établissements d'une chaîne de magasins d'alimentation, y compris le comptoir de produits prêts à consommer en cause.La transmission s'est faite par la manipulation d'aliments, le partage d'espaces de travail et les réseaux sociaux et domestiques. Conclusion :Le porteur chronique a été exclu de la manipulation des denrées alimentaires jusqu'à la fin du traitement et des tests de clairance.Nous avons surmonté les difficultés d'une éclosion de faible ampleur, mais prolongée en identifiant un porteur asymptomatique à l'aide d'une approche multiméthode comprenant le séquençage du génome entier et l'analyse des réseaux sociaux.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».