Éclosion de fièvre typhoïde d'origine locale liée à un porteur chronique à Ottawa, Canada, 2018–2022
Bibliographic record
Abstract
Contexte : Au Canada, les infections au sérovar Typhi de Salmonella enterica sont rares et généralement liées aux voyages.En novembre 2021, Santé publique Ottawa a établi un lien entre deux cas de fièvre typhoïde (sans antécédents récents de voyages internationaux) et un même comptoir de produits prêts à consommer d'une épicerie.Objectif : Ce rapport décrit la réponse à un rare cas de portage chronique de S. Typhi à Ottawa (Ontario, Canada), et fournit des recommandations pour les enquêtes sur les éclosions prolongées à petite échelle.Méthodes : Nous avons passé des questionnaires d'exposition à l'aide d'un seul intervieweur, testé des échantillons de selles de contacts et de manipulateurs d'aliments, inspecté des locaux alimentaires, collecté des échantillons d'aliments et examiné des reçus de plats à emporter.Des analyses de réseaux sociaux, des analyses spatiales et des analyses de séquençage du génome entier ont été utilisées pour étudier d'autres liens possibles entre les cas.Résultats : Sept personnes atteintes de fièvre typhoïde apparues entre octobre 2018 et mai 2022 ont été liées à un porteur chronique asymptomatique de S. Typhi.Le séquençage du génome entier a confirmé que les huit isolats correspondaient au groupe de l'éclosion.Tous les cas et les porteurs résidaient dans un rayon de huit kilomètres à Ottawa.Le porteur chronique travaillait en tant que manipulateur d'aliments dans divers établissements d'une chaîne de magasins d'alimentation, y compris le comptoir de produits prêts à consommer en cause.La transmission s'est faite par la manipulation d'aliments, le partage d'espaces de travail et les réseaux sociaux et domestiques. Conclusion :Le porteur chronique a été exclu de la manipulation des denrées alimentaires jusqu'à la fin du traitement et des tests de clairance.Nous avons surmonté les difficultés d'une éclosion de faible ampleur, mais prolongée en identifiant un porteur asymptomatique à l'aide d'une approche multiméthode comprenant le séquençage du génome entier et l'analyse des réseaux sociaux.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.003 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.004 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".