Assembly and characterization of the complete chloroplast genome of the Colombian coffee varieties Caturra Chiroso, Bourbon Chiroso and Chiroso, Coffea arabica L. (Rubiaceae), with insights on their phylogenetic relationships
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Varieties represent a defined group with differentiated characteristics derived through natural selection and/or selective breeding from within a species. In the Central-Andean region of Colombia (Urrao) there are three endemic varieties of the species Coffea arabica L [“Caturra Chiroso” (CCH), “Bourbon Chiroso” (BCH), and “Chiroso” (CHCH)], known as “Chiroso” group, globally renowned for their high quality and distinctive cup profile. Despite its significance, there is a lack of reported genomic resources or basic biological information for these. In this study, we conducted the first assembly and characterization of the complete chloroplast (Cp) genomes of these varieties and reconstructed their ancestry relationships. The Cp genomes were 155,188 bp in length (A = 30.93%; C = 19.06%; G = 18.37%; T = 31.64%); containing 131 genes, comprising 86 protein-coding genes, 8 rRNA genes, and 37 tRNA genes. They consisted of four subregions: the large single-copy (LSC) region (85,159 bp; 83 genes), the short single-copy (SSC) region (18,136 bp; 12 genes), and the inverted repeats IRA (25,944 bp; 18 genes) and IRB (25,945 bp; 18 genes). Likewise, among 26 intraspecific varieties analyzed, CCH + BCH formed a unique haplotype, and CHCH + Bourbon + Caturra formed another. CCH and BCH featured an exclusive Cytosine mutation (SNP: C/A), position 47,413 bp (intergenic spacer region trnT(UGU)-trnL(UAA)]. Likewise, a total of 445 short tandem repeats were found in the Cp genomes (dinucleotides: 370; trinucleotides: 71; tetranucleotides: 1). Finally, the three formed a well-supported monophyletic group with conspecific varieties, being more closely related to Eastern Ethiopian-origin varieties [ e.g. Berbere region], as well as with traditional ones like Typica, Bourbon, and Caturra. These coffee varieties are a valuable new genetic resource for use as a gene source for genetic improvement, biotechnology, direct exploitation and cultivation worldwide.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle