Assembly and characterization of the complete chloroplast genome of the Colombian coffee varieties Caturra Chiroso, Bourbon Chiroso and Chiroso, Coffea arabica L. (Rubiaceae), with insights on their phylogenetic relationships
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Varieties represent a defined group with differentiated characteristics derived through natural selection and/or selective breeding from within a species. In the Central-Andean region of Colombia (Urrao) there are three endemic varieties of the species Coffea arabica L [“Caturra Chiroso” (CCH), “Bourbon Chiroso” (BCH), and “Chiroso” (CHCH)], known as “Chiroso” group, globally renowned for their high quality and distinctive cup profile. Despite its significance, there is a lack of reported genomic resources or basic biological information for these. In this study, we conducted the first assembly and characterization of the complete chloroplast (Cp) genomes of these varieties and reconstructed their ancestry relationships. The Cp genomes were 155,188 bp in length (A = 30.93%; C = 19.06%; G = 18.37%; T = 31.64%); containing 131 genes, comprising 86 protein-coding genes, 8 rRNA genes, and 37 tRNA genes. They consisted of four subregions: the large single-copy (LSC) region (85,159 bp; 83 genes), the short single-copy (SSC) region (18,136 bp; 12 genes), and the inverted repeats IRA (25,944 bp; 18 genes) and IRB (25,945 bp; 18 genes). Likewise, among 26 intraspecific varieties analyzed, CCH + BCH formed a unique haplotype, and CHCH + Bourbon + Caturra formed another. CCH and BCH featured an exclusive Cytosine mutation (SNP: C/A), position 47,413 bp (intergenic spacer region trnT(UGU)-trnL(UAA)]. Likewise, a total of 445 short tandem repeats were found in the Cp genomes (dinucleotides: 370; trinucleotides: 71; tetranucleotides: 1). Finally, the three formed a well-supported monophyletic group with conspecific varieties, being more closely related to Eastern Ethiopian-origin varieties [e.g. Berbere region], as well as with traditional ones like Typica, Bourbon, and Caturra. These coffee varieties are a valuable new genetic resource for use as a gene source for genetic improvement, biotechnology, direct exploitation and cultivation worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».