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Enregistrement W4404196469 · doi:10.1002/smtd.202401572

Dissociation Constant (<i>K</i><sub>d</sub>) Measurement for Small‐Molecule Binding Aptamers: Homogeneous Assay Methods and Critical Evaluations

2024· review· en· W4404196469 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueSmall Methods · 2024
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésAptamerHomogeneousDissociation constantSmall moleculeDissociation (chemistry)ChemistryConstant (computer programming)Binding constantMoleculeThermodynamicsBinding sitePhysicsPhysical chemistryMolecular biologyBiologyComputer scienceBiochemistryReceptorOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Since 1990, numerous aptamers have been isolated and discovered for use in various analytical, biomedical, and environmental applications. This trend continues to date. A critical step in the characterization of aptamer binding is to measure its binding affinity toward both target and non‐target molecules. Dissociation constant ( K d ) is the most commonly used value in characterizing aptamer binding. In this article, homogenous assays are reviewed for aptamers that can bind small‐molecule targets. The reviewed methods include label‐free methods, such as isothermal titration calorimetry, intrinsic fluorescence of target molecules, DNA staining dyes, and nuclease digestion assays, and labeled methods, such as the strand displacement reaction. Some methods are not recommended, such as those based on the aggregation of gold nanoparticles and the desorption of fluorophore‐labeled DNA from nanomaterials. The difference between the measured apparent K d and the true K d of aptamer binding is stressed. In addition, avoiding the titration regime and paying attention to the time required to reach equilibrium are discussed. Finally, it is important to include mutated non‐binding sequences as controls.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,726
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,130
Tête enseignante GPT0,480
Écart entre enseignants0,350 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle