Genetic Basis, Quantitative Nature, and Functional Relevance of Evolutionarily Conserved DNA Methylation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract DNA methylation (DNAm) is a key epigenetic mark that modulates regulatory elements and gene expression, playing a crucial role in mammalian development and physiological function. Despite extensive characterization of DNAm profiles across species, little is known about its evolutionary conservation. Here, we conducted a comparative epigenome-wide analysis of great apes to identify and characterize sequence- and methylation-conserved CpGs (MCCs). Using 202 DNAm arrays, alongside 6 matched genotype and 13 matched transcriptomic datasets, we identified 11,500 MCCs for which methylation was evolutionarily related to sequences of CpGs and methylation quantitative trait loci. MCCs were the most stable across healthy human tissues and exhibited weaker genetic associations than other CpGs. Moreover, MCCs showed minimal associations with demographic, environmental factors, and noncancer diseases, yet demonstrated stronger associations with certain cancers than other CpGs, particularly gastrointestinal cancers. Functional enrichment analysis revealed that genes associated with MCC methylation in cancer were enriched for cancer driver genes and canonical cancer pathways, highlighting a significant regulatory role for MCCs in tumorigenesis. Collectively, our findings reveal the extent of DNAm conservation in great ape evolution, its association with genetic conservation, and its relevance to human diseases. These integrative analyses offer evolutionary insights into epigenetic variation and its functional implications in human populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».