A comprehensive two-hybrid analysis to explore the <i>Legionella pneumophila</i> effector–effector interactome
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Legionella pneumophila uses over 300 translocated effector proteins to rewire host cells during infection and create a replicative niche for intracellular growth. To date, several studies have identified L. pneumophila effectors that indirectly and directly regulate the activity of other effectors, providing an additional layer of regulatory complexity. Among these are “metaeffectors,” a special class of effectors that regulate the activity of other effectors once inside the host. A defining feature of metaeffectors is direct, physical interaction with a target effector. Metaeffector identification, to date, has depended on phenotypes in heterologous systems and experimental serendipity. Using a multiplexed, recombinant barcode-based yeast two-hybrid technology we screened for protein–protein interactions among all L. pneumophila effectors and 28 components of the Dot/Icm type IV secretion system (>167,000 protein combinations). Of the 52 protein interactions identified by this approach, 44 are novel protein interactions, including 10 novel effector–effector interactions (doubling the number of known effector–effector interactions). IMPORTANCE Secreted bacterial effector proteins are typically viewed as modulators of host activity, entering the host cytosol to physically interact with and modify the activity of one or more host proteins in support of infection. A growing body of evidence suggests that a subset of effectors primarily function to modify the activities of other effectors inside the host. These “effectors of effectors” or metaeffectors are often identified through experimental serendipity during the study of canonical effector function against the host. We previously performed the first global effector-wide genetic interaction screen for metaeffectors within the arsenal of Legionella pneumophila , an intracellular bacterial pathogen with over 300 effectors. Here, using a high-throughput, scalable methodology, we present the first global interaction network of physical interactions between L. pneumophila effectors. This data set serves as a complementary resource to identify and understand both the scope and nature of non-canonical effector activity within this important human pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».