A global view of the RNA-binding and regulatory protein landscape in <i>Caenorhabditis elegans</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Post-transcriptional regulation of gene expression is essential for the correct development and functioning of an organism. This regulation is coordinated by a collection of proteins that work together to determine an RNA’s post-transcriptional fate. Here, we provide a global overview of the RNA regulatory protein landscape in Caenorhabditis elegans , to provide insight into the coordination of post-transcriptional regulatory activities in the context of a multicellular organism. First, we have curated a comprehensive list of all known and putative RNA regulatory proteins encoded in the C. elegans genome, classified based on domain and functional annotations and published experimental data. Second, using protein-protein interaction data in the STRING database, we created a putative RNA regulatory protein interaction network that highlighted known RNA regulatory complexes, and leveraged this network to identify an additional 138 known and putative RNA regulators previously unannotated in C. elegans . Finally, we examined the tissue- and developmental-stage-specific expression of RNA regulators using published transcript expression data, which revealed strong expression in the gonad for a majority, as well as dozens expressed specifically in each of the major somatic C. elegans tissues. Taken together, this work will provide a valuable resource for future studies of RNA biology in C. elegans .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».