Phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome of the orange-winged sulphur butterfly <i>Dercas nina</i> Mell 1913 (Insecta: Lepidoptera: Pieridae: Coliadinae)
Notice bibliographique
Résumé
Dercas nina Mell Citation1913 (Pieridae) is a little-studied butterfly species endemic to China that flies primarily in the forest canopy. Genome skimming by Illumina sequencing allowed assembly of 146,702 reads for complete 1471.3-fold mean coverage of the circular 15,264 bp mitogenome from D. nina consisting of 82.1% AT nucleotides. A gene order typical of butterflies was recovered consisting of 13 protein-coding genes, 22 tRNAs, two rRNAs, and a predicted control region. The Dercas nina COX1 open reading frame begins with atypical start codon CGA. Six protein-coding genes (COX1, COX2, ND2, ND3, ND4, ND5) with single-nucleotide (T) stop codons, and two protein-coding genes (ATP6, ATP8) with two-nucleotide (TA) stop codons encoded in the DNA were inferred to be completed by adenine nucleotides from the Poly-A tail of the mRNA. Bayesian’s phylogenetic reconstruction places the D. nina and D. lycorias mitogenomes as sister clades. Dercas mitogenomes were sister to those from genus Colias in the monophyletic subfamily Coliadinae. The mitogenome phylogeny is consistent with previous molecular phylogenetic hypotheses based on other markers, but differs somewhat from a morphology-based hypothesis that suggested that Dercas was more closely related to genus Gonepteryx. This may falsify the hypothesis or may instead reflect mitochondrial-nuclear phylogenetic discordance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».