Molecular docking and in silico analysis of the pharmacokinetics, toxicological profile and differential gene expression of bioactive compounds from Cyrtopodium glutiniferum
Notice bibliographique
Résumé
The genus Cyrtopodium , from the Orchidaceae family, is widely used for its therapeutic properties in the treatment of tuberculosis, abscesses, urinary infection, and colds. C. glutiniferum , one of the species of this genus, is endemic in Brazil and largely used in herbal medicine. Thus, it is of great interest to recognize its composition, the properties of the molecules found in it. This study aimed to perform the in silico analysis of the main compounds from C. glutiniferum , on the platforms pKCSM, SwissADME, LAZAR, CLC-pred, ToxTree, DIGEPred, STRING, and Cytoscape. Further than this, the molecular docking was performed. The compounds present in the aqueous extract of C. glutiniferum were identified by UHPLC-MS/MS, finding Arbutin, Caffeic acid 4-O-glucoside, and Dihydroformononetin as the three most abundant molecules. The evaluation of the gastrointestinal absorption of Dihydroformononetin is given as high, also managing to cross the blood-brain barrier, while Arbutin can only be absorbed by the gastrointestinal tract and Caffeic acid 4-O-glucoside had very low absorption. Further analysis showed that Arbutin and Dihydroformononetin are possible leading molecules for drug synthesis, according to the prediction. Toxicological aspects were analysed, and no adverse effects were noted, but there were divergences in the mutagenic prediction of Arbutin and Dihydroformononetin, having different results in the used platforms, demonstrating that a cautious analysis and data insertion is needed in these tools to optimize them. The analysis of the differentially expressed genes predicted that the compounds can regulate several genes, including some genes associated with carcinogenesis and inflammation. The Molecular docking analysis showed high binding affinities of the molecules with different proteins. Therefore, C. glutiniferum demonstrates the potential to be used as a phytotherapeutic. The same was given through the in silico analysis of the three compounds found in the orchid, that show good individual potential. • The analysis shows potential of compounds as anti-inflammatory and anticancer agents. • Molecular docking shows strong binding affinities with target proteins. • Arbutin and Caffeic Acid 4-O-glucoside may exhibit synergistic therapeutic effects. • Dihydroformononetin downregulates proinflammatory genes. • Dihydroformononetin upregulates AURKB and AURKA.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».