Methicillin-resistant and methicillin-susceptible Staphylococcus aureus in French hedgehogs admitted to a wildlife health center
Notice bibliographique
Résumé
The mecC gene conferring methicillin-resistance has always been found on a SCC mec type XI element and is largely restricted to the few clonal complexes CC130, CC1943, CC425, CC49 and CC599. The occurrence of the mecC gene in many different hosts highlighted its One Health importance, even though European hedgehogs ( Erinaceus europaeus ) are considered its natural reservoir, most probably because of the selective pressure imposed by beta-lactam-producing dermatophytes ( Trichophyton erinacei ) that colonize the skin of these mammals. Surprisingly, while the presence of T. erinacei on the French territory has been proven, no mecC -positive methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolate has been reported yet from hedgehogs. We thus sampled 139 hedgehogs brought to a wildlife center; 128 were S. aureus carriers and 25 (18.0 %) presented a MRSA isolate, of which 21 (15.1 %) displayed the mecC gene. All 161 S. aureus collected were whole-genome sequenced. The mecC -MRSA belonged to the classical CCs, i.e. CC130, CC1943 and CC49. The majority (98/139, 70.5 %) of the methicillin-susceptible Staphylococcus aureus (MSSA) isolates also belonged to these three CCs. A phylogenetic comparison with mecC -MRSA isolates from all over Europe and New-Zealand showed local adaptations, despite the fact that they all belonged to the same CCs. The acquisition of the SCC mec type XI element by a concomitant MSSA could not be observed in the same animal, but such a transfer might be suggested since identical clones were identified, one MSSA and one MRSA, though in different animals. In parallel, we conducted a detailed analysis of the SCC mec type XI element as well as specific virulence factors (a tst variant and the vwb SaPI gene). Results led us to hypothesize that the mecC gene might be acquired through selective pressure of T. erinacei on MSSA, some of which were acquired a long time ago from ruminants and are now colonizing the skin of the hedgehogs. • 18.0 % (25/139) of the hedgehogs presented at least one MRSA. • Four animals were mecA -MRSA carriers, 21 were mecC -MRSA carriers. • mecC -MRSA belonged to CC130/ST130, CC1943 (ST1943 and ST2361) and CC49/ST6834. • 98/139 (70.5 %) MSSA isolates also belonged to CC130, CC1943 and CC49. • The sec , sel and tst genes were observed in 8 MRSA CC1943 and 22 MSSA isolates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».