Transient histone deacetylase inhibition induces cellular memory of gene expression and three-dimensional genome folding
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Epigenetic memory enables the stable propagation of gene expression patterns in response to transient developmental and environmental stimuli. Although three-dimensional (3D) organisation is emerging as a key regulator of genome function, it is unknown whether it contributes to cellular memory. Here, we establish that acute perturbation of the epigenome can induce cellular memory of gene expression in mouse embryonic stem cells (mESCs). Specifically, we uncover how a pulse of histone deacetylase inhibition translates to changes in histone acetylation and methylation, as well as global and local genome folding. While most epigenomic and transcriptional changes are readily reversible once the perturbation is removed, genome architecture partially maintains its perturbed conformation. This is significant, as a second transient pulse of hyperacetylation induces continued gene expression deregulation at hundreds of loci. Using ultra-deep Micro-C, we associate memory of gene expression with enhancer-promoter contacts and repressive chromatin topology mediated by Polycomb. These results demonstrate how cells are able to record a transient stress in their 3D genome architecture, enabling them to respond more robustly in a second bout of the same perturbation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».