Cross-amplification of microsatellite markers on the endangered tree species <i>Castanopsis argentea</i> from other <i>Castanopsis</i> species: a valuable tool for genetic diversity analysis
Notice bibliographique
Résumé
Castanopsis argentea is an endangered tree naturally distributed in Java and Sumatera Island and considered a keystone species in the submontane forest ecosystem. A laboratory study was conducted to test the cross-amplification potential of seven pairs of Castanopsis cuspidata var. sieboldii microsatellite markers to be used for Castanopsis argentea. The rate of cross-amplification success, average number of alleles per locus (NA), observed heterozygosity (HO), expected heterozygosity (HE), and fixation index (FIS) were determined, and cross-amplification potential was investigated. The rate of amplification success was 85.71% (6 out of 7 markers were successful amplified), NA was 7.67, HO ranged from 0.467 to 0.923, HE ranged from 0.441 to 0.745, and the fixation index (FIS) ranged from −0.413 to 0.278. Results indicate the high transferability of C. cuspidata var. sieboldii microsatellite markers to C. argentea. Six markers were suitable for genetic diversity and population genetic studies on C. argentea.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».