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Enregistrement W4404679132 · doi:10.1101/2024.11.22.624885

Alterations in Circulating T-Cell Subsets with Gut-Homing/Residency Phenotypes Predict HIV-1 Status and Subclinical Atherosclerosis

2024· preprint· en· W4404679132 sur OpenAlexafffundabout
Etiene Moreira Gabriel, Jonathan Dias, Abdelali Filali‐Mouhim, Ramon Edwin Caballero, Thalia Salinas‐Giegé, Manon Nayrac, Carl Chartrand‐Lefebvre, Jean-Pierre Routy, Madéleine Durand, Mohamed El‐Far, Cécile Tremblay, Petronela Ancuța

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHIV-related health complications and treatments
Établissements canadiensInstitut Universitaire de Gériatrie de MontréalUniversité de MontréalMcGill University Health CentreCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésSubclinical infectionMedicineHuman immunodeficiency virus (HIV)ImmunologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Antiretroviral therapy (ART) controls HIV-1 replication in people with HIV-1 (PWH), but immunological restauration is not achieved at mucosal barriers. Intestinal integrity impairment fuels microbial translocation and chronic immune activation, thus heightening the cardiovascular disease (CVD) risk. Here, we sought to identify novel immunological predictors of the HIV and CVD status in the peripheral blood of ART-treated PWH (HIV + ; n=42) and uninfected participants (HIV-; n=40) of the Canadian HIV and Aging Cohort Study (CHACS), with/without subclinical coronary atherosclerotic plaques, measured by Coronary Computed Tomography Angiography as total plaque volume (TPV, mm 3 ). PBMCs were analyzed by flow cytometry for the expression of T-cell lineage (CD45, CD3, CD4, CD8αα, CD8αβ, TCRαβ, TCRγδ), epithelial cell (EpCAM/CD326), activation (HLA-DR), and gut-homing/residency markers (CD69, CD196/CCR6, CD199/CCR9, CD49d/Itgα4, CD103/ItgαE, Itgβ7). CellEngine supervised clustering of the flow cytometry data revealed profound alterations in the CD3 + T-cell pool in relationship with the HIV status, with the accumulation of peculiar CD8 + TCRαβ + and TCRγδ + cells, to the detriment of CD4 + TCRαβ + subsets. FlowJo manual gating further identified CD4 + T-cell subsets with peculiar CD326 + CD69 + CCR6 + ItgαE + and CCR6 + Itgβ7 - phenotypes that were increased in frequency in HIV + versus HIV - participants, together with a decreased frequency of CD8 + T-cells with an intraepithelial lymphocyte (IEL)-like CD3 + CD4 - TCRαβ + TCRγδ - CD8αα + CD8αβ - phenotype. Finally, multivariate logistic regression revealed the predictive capacity of specific T-cell subsets regarding the HIV/CVD status, and TPV values. Of particular relevance, we identified ItgαE + CD8 + , ItgαE - CD8 + , CCR6 + CD4 + , and CCR6 + Itgβ7 - CD4 + T-cell subsets as strong positive predictors of atherosclerotic plaque volume in crude models or upon adjustment for HIV/CVD confounding factors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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