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Enregistrement W4404897561 · doi:10.1111/pbr.13245

Assessing Single‐Trait and Multitrait Genomic Prediction Model Abilities Including Significant GWAS Markers for Fusarium Head Blight Disease Resistance in Wheat (<scp><i>Triticum aestivum</i></scp>)

2024· article· en· W4404897561 sur OpenAlexafffund
Vinay Kumar Reddy Nannuru, Jon Arne Dieseth, Curt A. McCartney, María Antonia Henríquez, Hermann Buerstmayr, Sebastian Michel, Laura Morales, Theodorus Meuwissen, José Crossa, Morten Lillemo

Notice bibliographique

RevuePlant Breeding · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesHorizon 2020 Framework ProgrammeNorges Miljø- og Biovitenskapelige UniversitetNorges ForskningsrådGenome Canada
Mots-clésBiologyFusariumQuantitative trait locusGenome-wide association studyTraitPlant disease resistanceResistance (ecology)GeneticsAgronomyGeneGenotypeSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Disease resistance traits are complex and quantitative in nature. Breeders regularly evaluate multiple important traits across diverse environments to employ them in genomics‐assisted breeding. In this study, we evaluated the prospects of genomic prediction models by incorporating genome‐wide association study (GWAS) results into single‐trait and multitrait genomic prediction scenarios, using two distinct panels: the NMBU panel and the GRAMINOR panel. A standard genomic prediction model ( Base ) and the Base model with the addition of significant GWAS markers as fixed covariates (Base + GWAS) were tested on both panels. The predictive ability of models was measured in terms of prediction ability by using Pearson's correlation method. An improvement of 0.05% to as high as a two‐fold improvement was observed in both the panels for single‐trait and multitrait scenarios. In general, multitrait models outperformed single‐trait models regardless of whether the GWAS markers were included. This study further concludes that multitrait‐based genomic predictions are superior to single trait–based ones when the associated traits are used and are well correlated.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,869
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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