pH‐Directed Capture‐SELEX for Nanomolar Affinity Aptamers for Kanamycin Detection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Kanamycin A is a widely used antibiotic, although it has a narrow therapeutic window demanding highly accurate monitoring. The sensing of kanamycin A using aptamers is of great interest since aptamers can be used for continuous monitoring with a rapid response. While kanamycin has been the target for at least four previous aptamer selections, the binding affinities of the reported DNA aptamers are still sub‐optimal. All the previous aptamer selections were performed at pH 7.5 or higher. Given that kanamycin A has four amino groups with pKa values close to 7, we herein selected DNA aptamers for kanamycin A at both pH 6 and pH 8. The selection at pH 6 enriched aptamers although the pH 8 selection library remained highly diverse in the end. The best aptamer named KAN6‐1 showed a dissociation constant of around 320 nM measured using isothermal titration calorimetry in the selection buffer. In buffers without salt, binding can happen from pH 6 to 8. Specific binding was confirmed using mutation studies. A strand displacement assay was developed with a limit of detection (LOD) of 100 nM in buffer. Similar LOD values were also obtained in lake water and in 10 % human serum. Comparisons were also made with some previously reported DNA aptamers. This study shows the importance of pH value on the selection of aptamers and provides a new aptamer for kanamycin A detection.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».