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Enregistrement W4405238481 · doi:10.1101/2024.12.05.627055

A subset of human choroid plexus epithelial cells exhibit mitochondrial eccentricity and distinct expression of the pigmentation-associated enzyme TYRP1

2024· preprint· en· W4405238481 sur OpenAlexaff
Adam M.R. Groh, Shobina Premachandran, Finn Creeggan, Moein Yaqubi, Stéphanie Zandee, Alexandre Prat, Jack P. Antel, GR Wayne Moore, Jo Anne Stratton

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématiquemelanin and skin pigmentation
Établissements canadiensCentre Hospitalier de l’Université de MontréalMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCell biologyChoroid plexusBiologyDownregulation and upregulationOrganoidCiliumEpitheliumPhenotypeCellGeneEndocrinologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract For decades, ultrastructural evaluation of epithelial cells in diverse organ systems has demonstrated the existence of two subtypes identified by stark differences in cytoplasmic electron density – so-called light and dark epithelial cells. Choroid plexus (CP) epithelial cells are key regulators of CSF homeostasis and are one of many specialized epithelial linings that exhibit this bimodal phenotype. Despite longstanding acknowledgement, it has been difficult to assess the potential significance of adult human light and dark CP epithelial cells due to a lack of characterization beyond electron microscopy (EM). We present the first transcriptomic analysis of adult human CP epithelial cells and denote the existence of four epithelial subpopulations, one of which is defined by elevated expression of TYRP1 – a melanocyte-associated tyrosine-related protein involved in cellular pigmentation and proliferation. TYRP1 -high cells also downregulate genes related to cilia function (which is consistent with observations of dark cell identity in organoids) and upregulate genes associated with pathways related to cell cycling, stress, and iron regulation. Our data provide an explanation of the molecular underpinning of adult human light and dark cell identity and serve as a resource for investigations of epithelial heterogeneity in the CP and other organs where dark cells are found.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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