Rapid Sex Chromosome Turnover in African Clawed Frogs (<i>Xenopus</i>) and the Origins of New Sex Chromosomes
Notice bibliographique
Résumé
Sex chromosomes of some closely related species are not homologous, and sex chromosome turnover is often attributed to mechanisms that involve linkage to or recombination arrest around sex-determining loci. We examined sex chromosome turnover and recombination landscapes in African clawed frogs (genus Xenopus) with reduced representation genome sequences from 929 individuals from 19 species. We recovered extensive variation in sex chromosomes, including at least eight nonhomologous sex-associated regions-five newly reported here, with most maintaining female heterogamety, but two independent origins of Y chromosomes. Seven of these regions are found in allopolyploid species in the subgenus Xenopus, and all of these reside in one of their two subgenomes, which highlights functional asymmetry between subgenomes. In three species with chromosome-scale genome assemblies (Xenopus borealis, Xenopus laevis, and Xenopus tropicalis), sex-specific recombination landscapes have similar patterns of sex differences in rates and locations of recombination. Across these Xenopus species, sex-associated regions are significantly nearer chromosome ends than expected by chance, even though this is where the ancestral recombination rate is highest in both sexes before the regions became sex associated. As well, expansions of sex-associated recombination arrest occurred multiple times. New information on sex linkage along with among-species variation in female specificity of the sex-determining gene dm-w argues against a "jumping gene" model, where dm-w moves around the genome. The diversity of sex chromosomes in Xenopus raises questions about the roles of natural and sexual selection, polyploidy, the recombination landscape, and neutral processes in driving sex chromosome turnover in animal groups with mostly heterogametic females.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».