Development of a <i>De Novo</i> Protein Binder that Inhibits the Alpha Kinase eEF2K
Notice bibliographique
Résumé
SUMMARY Elongation factor 2 kinase (eEF2K) is calmodulin activated and phosphorylates eEF2, a GTPase, that regulates global translation. When eEF2K phosphorylates eEF2, protein translation is halted. This process may be critical to studying how diseases like cancer dysregulate protein synthesis. eEF2K is an alpha kinase and not targeted by conventional kinase inhibitors. Traditional methods of structure-based drug design are incredibly time consuming and expensive, which may involve screening large libraries of small molecules. We have generated de novo small binder proteins (∼10kDa) - using RFDiffusion and ProteinMPNN. One promising de novo binder protein we produced, ‘CAM1’ binds to a hydrophobic patch on the calmodulin binding domain of eEF2K with nanomolar affinity as determined by isothermal titration calorimetry. This binder, in vitro , significantly reduces eEF2 peptide phosphorylation, comparable to the gold-standard small molecule eEF2K inhibitor, A-484954. The predicted structure of CAM1 is a helical bundle which has been confirmed by circular dichroism spectroscopy. Impressively, CAM1 has a melting temperature >80 0 C, and is produced recombinantly in bacteria, greater than 5 mg / culture liter. We have also determined that CAM1 transfection significantly reduces mammalian HeLa cell proliferation comparable to A-484954 treatment and inhibits the phosphorylation of eEF2. Our de novo binder, the first to our knowledge to inhibit an alpha kinase, and the first non-competitive eEF2K inhibitor, establishes an alternative method of targeting atypical kinase activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».