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Enregistrement W4405409639 · doi:10.1093/glycob/cwae095

Differential substrate preferences IN ACTINOBACTERIAL protein <i>O</i>-MANNOSYLTRANSFERASES and alteration of protein-<i>O</i>-MANNOSYLATION by choice of secretion pathway

2024· article· en· W4405409639 sur OpenAlexafffund
Hirak Saxena, Rucha Patel, John F. Kelly, Warren W. Wakarchuk

Notice bibliographique

RevueGlycobiology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensNational Research Council CanadaUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésActinobacteriaCorynebacterium glutamicumGlycosylationBacteriaGlycosyltransferaseSecretionBiochemistryBiologyEnzymeMycobacterium tuberculosisMicrobiologyChemistryGeneticsTuberculosis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Protein-O-mannosylation (POM) is a form of O-glycosylation that is ubiquitous and has been studied extensively throughout in fungi and animals. The key glycosyltransferase, protein O-mannosyltransferase (PMT), a member of family GT-39, is also found in over 3,800 bacterial genomes but has only been minimally examined from prokaryotes. In prokaryotes POM has only been investigated in terms of pathogenicity (in Mycobacterium tuberculosis) even though there are far more non-pathogenic bacteria that appear to carry out POM. To date, there is no consensus on what benefit POM imparts to the non-pathogenic bacteria that can perform it. Through the generation of a POM deficient mutant of Corynebacterium glutamicum - a widely utilized and known protein O-mannosylating actinobacteria - this work shows that even closely related actinobacterial GT-39 s (the enzymes responsible for the initiation of POM) can have different substrate specificities for targets of POM. Moreover, presented here is evidence that POM does not only occur in a SEC-dependent manner; POM also occurs with TAT and non-SEC secreted substrates in a specific and likely tightly regulated manner. Together these results highlight the need for further biochemical characterization of POM in these and other bacterial species to help elucidate the true nature of its biological functions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,654

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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