Persistent genomic erosion in whooping cranes despite demographic recovery
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Integrating in-situ (wild) and ex-situ (captive) conservation efforts can mitigate genetic diversity loss and help prevent extinction of endangered wild populations. The whooping crane ( Grus americana ) experienced severe population declines in the 18th century, culminating into a collapse to 16 individuals in 1941. Legal protections and conservation actions have since increased the population to approximately 840 individuals, yet the impact on genomic diversity remains unclear. We analysed the temporal dynamics of genomic erosion by sequencing a high-quality genome reference, and re-sequencing 16 historical and 37 modern genomes, including wild individuals and four generations of captive-bred individuals. Genomic demographic reconstructions reveal a steady decline, accelerating over the past 300 years with the European settlement of North America. Temporal genomic analyses show that despite demographic recovery, the species has lost 70% of its genetic diversity and has increased their inbreeding. Although the modern population bottleneck reduced the ancestral genetic load, modern populations possess more realized load than masked load, possibly resulting in a chronic loss of fitness. Integrating pedigree and genomic data, we underscore the role of breeding management in reducing recent inbreeding. Yet ongoing heterozygosity loss, load accumulation, and background inbreeding argues against the species’ downlisting from their current Endangered status on the IUCN Red List and the Endangered Species Act. The presence of private genetic variation in wild and captive populations suggests that wild-captive crosses could enhance genetic diversity and reduce the realized load. Our findings emphasize the role of genomics in informing conservation management and policy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».