Spatiotemporal photocatalytic proximity labeling proteomics reveals ligand-activated extracellular and intracellular EGFR neighborhoods
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Photo-proximity labeling proteomics (PLP) methods have recently shown that the cell surface receptors can dynamically form lateral interactome networks. Here, we present a paired set of PLP workflows that simultaneously track neighborhood changes for oncogenic epidermal growth factor receptor (EGFR) with temporal resolution, both outside and inside of cells. We achieved this by augmenting the multiscale PLP workflow we call MultiMap, where three photo-probes with different labeling ranges were photo-activated by one photocatalyst, Eosin Y. By anchoring Eosin Y extracellularly and intracellularly on EGFR, we captured hundreds of proteins on both sides of the cell membrane that change in proximity to EGFR upon EGF activation. Neighbors engaged with EGFR within minutes to over an hour, reflecting dynamic interactomes during early, mid- and late-signaling including phosphorylation, internalization, degradation and transcriptional regulation. This rapid “photographic” labeling approach provides snapshots of signaling neighborhoods, revealing their dynamic nature, and potential for drug targeting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».