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Enregistrement W4405860008 · doi:10.5376/cmb.2024.14.0022

Protein-Protein Interaction Networks in Rice under Drought Stress: Insights from Proteomics and Bioinformatics Analysis

2024· article· en· W4405860008 sur OpenAlexvenueno aff
Chunli Wang, Nant Nyein Zar Ni Naing, Cui Zhang, Junjie Li, Qian Zhu, Dongsun Lee, Lijuan Chen

Notice bibliographique

RevueComputational Molecular Biology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced Proteomics Techniques and Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProteomicsDrought stressComputational biologyBioinformaticsProtein Interaction NetworksBiologyComputer scienceProtein–protein interactionGeneticsBotanyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This review outlines the physiological and biochemical responses of plants to drought stress, explains the molecular mechanisms, and emphasizes the key role of proteomics in these responses. Drought stress causes dehydration and osmotic changes in plants, leading to cell membrane damage, accumulation of reactive oxygen species (ROS), and metabolic disorders. Plants respond to drought stress through a series of complex physiological and biochemical responses, including regulate of stomatal opening and closing, synthesis protective proteins and metabolites, activate antioxidant systems, and regulate gene expression. Through proteomic and bioinformatic analysis, we systematically synthesis findings that identified key response proteins in rice under drought stress, constructed and analyzed the PPI network, performed functional annotation and pathway enrichment analysis, and demonstrated specific PPI networks involving transcription factors and signaling proteins, interaction networks with osmoprotectants and stress-related proteins, and comparative analysis of PPI networks of different rice varieties under drought stress through case studies. By exploring the response mechanism of rice under drought stress, we propose to develop more effective drought resistance strategies to improve the stability and sustainability of rice production.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,004
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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