Discrimination between <i>Mycobacterium tuberculosis</i> and <i>Mycobacterium bovis</i> using Fourier Transform Infrared Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Zoonotic tuberculosis (TB) caused by Mycobacterium bovis (Mb) is a neglected disease that hinders efforts to eradicate human tuberculosis. Developing a rapid, high-throughput diagnostic test to distinguish Mb from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) isolates could enhance global zoonotic TB diagnostics and surveillance. This study aimed to evaluate the ability of Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FT-IRS), using the IR Biotyper® system, to differentiate clinical isolates of Mb and Mtb. Two bacterial inactivation protocols— paraformaldehyde and boiling—were tested using Mtb and BCG strains grown in liquid culture. While both methods allowed FT-IRS analysis, boiling was preferred due to its ease of use and efficiency in biomass recovery. Subsequently, Mtb and Mb isolates were analyzed using FT-IRS, and the resulting spectra were used to construct a sample classifier employing machine learning algorithms. Linear Discriminant Analysis (LDA) and a UPGMA dendrogram demonstrated clear separations between Mtb and Mb ecotypes. Additionally, a classifier built and internally validated using artificial neural networks achieved 99% accuracy in distinguishing Mb and Mtb. Further FT-IRS analysis of few available Mycobacterium africanum (Maf) strains demonstrated its capacity to differentiate Maf from Mtb and Mb, expanding its utility in regions where Maf is endemic. This is the first study to apply FT-IRS to distinguish tuberculous mycobacteria. FT-IRS proved to be a highly effective, rapid, and accurate diagnostic tool for differentiating Mb and Mtb strains, with promising applications for other tuberculous mycobacteria such as Maf. IMPORTANCE Zoonotic tuberculosis (TB) caused by Mycobacterium bovis (Mb) remains a major threat due to its clinical similarity to human TB, higher rates of extrapulmonary cases, and resistance to pyrazinamide, complicating treatment. Current diagnostic methods used to differentiate M. tuberculosis (Mtb) from Mb and are limited by costs, resource needs, and technical complexity. We developed a method based on Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FT-IRS) to differentiate Mb and Mtb clinical isolates with high accuracy. This diagnostic assay offers advantages over traditional molecular techniques by eliminating the need for DNA extraction, requiring less technical expertise, and providing fast, accurate differentiation of Mtb and Mb strains. This innovative approach can improve global diagnostics and surveillance of zoonotic TB.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».