Persistent virulent phages exist in bacterial isolates
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Despite the immense diversity of tailed bacteriophages, they are traditionally classified as either virulent or temperate, with only the latter thought capable of long-term persistence in bacterial cells through lysogeny. Virulent phages, characterized by their obligatory lytic cycle, are assumed to lack the ability to persist within bacterial colonies, and their infection is expected to decimate the host population under in-vitro conditions. Consequently, when bacterial isolates are cultured for sequencing, the resulting assemblies are not expected to contain virulent phage genomes. To test this assumption on a large scale, we analyzed over 267,000 publicly available Escherichia assemblies. Surprisingly, we identified 373 genomes corresponding to virulent phages within the bacterial genomes. These viral genomes are associated with specific phage groups and especially with jumbo phages with very large genomes (>200 kb). Chimallin was a core gene in two of these jumbo phage clusters, the major protein used by some jumbo phages to form a protective phage nucleus during infection. We found multiple lines of evidence suggesting that these virulent phage genomes in bacterial assemblies arise from persistent infections rather than contamination. Supporting this, we experimentally demonstrated the coexistence of non-temperate jumbo phages with their bacterial hosts. In a targeted follow-up search for three clades of persistent jumbo phages, we identified 285 additional jumbo phage genomes in bacterial taxa beyond Escherichia, highlighting that there are many more undiscovered persistent phages in bacterial assemblies. Our findings challenge the traditional virulent-temperate dichotomy, highlighting the overlooked diversity and prevalence of non-canonical phage lifestyles.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».