Association of HFE genotypes with hemochromatosis-related phenotypes in the All of Us research program
Notice bibliographique
Résumé
Purpose Type 1 hereditary hemochromatosis (HH) can result in iron overload and liver disease if not detected and treated early. Most cases are found among people homozygous for HFE p.Cys282Tyr variants. Compound heterozygosity with the HFE p.His63Asp variant is associated with disease to a lesser degree. We sought to examine the association of HFE variation with HH-related phenotypes and assess the prevalence of testing and diagnosis of HH using All of Us data. Methods We used data from 133,978 participants with genetic information linked to medical records. For different HFE genotypes, we examined the prevalence of HH diagnosis codes and related biochemical and clinical phenotypes. Results Among participants who were p.Cys282Tyr homozygotes, the prevalence of HH diagnosis codes was 22.6% among males and 15.6% among females. Serum transferrin-iron saturation measures were available only for 31.4% of males and 21.1% of females who were p.Cys282Tyr homozygotes. Liver disease, including cirrhosis or hepatocellular carcinoma, was present more among males who were p.Cys282Tyr homozygotes compared with males with no p.Cys282Tyr or p.His63Asp variants (15.5% vs 8.5%, P = .0001). Of the 71 participants who were p.Cys282Tyr homozygotes with indication of liver disease, 32 (45.1%) did not have a serum transferrin-iron saturation measure, and 37 (52.1%) did not have diagnosis codes for HH. Conclusion Limited serum transferrin-iron saturation measures or HH diagnosis codes among p.Cys282Tyr homozygotes, even those with liver disease, suggests potential undertesting and underdiagnosis of type 1 HH in clinical practice and a need for improved awareness, education, and testing around HH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».