Reviewer #1 (Public review): Persistent cross-species transmission systems dominate Shiga toxin-producing Escherichia coli O157:H7 epidemiology in a high incidence region: a genomic epidemiology study
Notice bibliographique
Résumé
Several areas of the world suffer notably high incidence of Shiga toxin-producing Escherichia coli, among them Alberta, Canada. We assessed the impact of persistent cross-species transmission systems on the epidemiology of E. coli O157:H7 in Alberta.We sequenced and assembled 229 E. coli O157:H7 isolates originating from collocated cattle (n=108) and human (n=121) populations from 2007-2015 in Alberta. We constructed a timed phylogeny using BEAST2 using a structured coalescent model. We then extended the tree with human isolates through 2019 (n=430) to assess the long-term disease impact of locally persistent lineages. Shiga toxin gene (stx) profile was determined for all isolates.During 2007 to 2015, we estimated 108 (95% HPD 104, 112) human lineages arose from cattle lineages, and 14 (95% HPD 5, 23) from other human lineages; i.e., 88.5% of human lineages arose from cattle lineages. We identified 11 persistent lineages local to Alberta, which were associated with 38.0% (95% CI 29.3%, 47.3%) of human isolates. Of 117 isolates in locally persistent lineages, 6.0% carried only the Shiga toxin gene stx2a and the rest both stx1a and stx2a. During the later period, six locally persistent lineages continued to be associated with human illness, including 74.7% (95% CI 68.3%, 80.3%) of reported cases in 2018 and 2019. The stx profile of isolates in locally persistent lineages shifted from the earlier period, with 51.2% encoding only stx2a.Our study identified multiple locally evolving lineages transmitted between cattle and humans persistently associated with E. coli O157:H7 illnesses for up to 13 years. Of concern, there was a dramatic shift in locally persistent lineages toward strains with the more virulent stx2a-only profile. Locally persistent lineages may be a principal cause of the high incidence of E. coli O157:H7 in locations such as Alberta and offer opportunities for understanding the disease ecology supporting E. coli O157:H7 persistence, as well as for local prevention efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,045 | 0,321 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,008 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,018 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,062 | 0,023 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».