Altered tRNA expression profile associated with codon-specific proteomic changes in the suicide brain
Notice bibliographique
Résumé
Suicide is a major public health concern, and the number of deaths by suicide has been increasing in recent years in the US. There are various biological risk factors for suicide, but causal molecular mechanisms remain unknown, suggesting that investigation of novel mechanisms and integrative approaches are necessary. Transfer (t)RNAs and their modifications, including cytosine methylation (m 5 C), have received little attention regarding their role in normal or diseased brain function, though they are dynamic mediators of protein synthesis. tRNA regulation is highly interconnected with proteomic and metabolomic outcomes, suggesting that investigating these multiple levels of molecular regulation together may elucidate more information on neural function and suicide risk. In the current study, we used an integrative ‘omics’ approach to probe tRNA dysregulation, including tRNA expression and tRNA m 5 C, proteomics, and amino acid metabolomics in prefrontal cortex from 98 subjects who died by suicide during an episode of major depressive disorder (MDD) and neurotypical controls. While no changes were detected in amino acid content, results showed increased tRNA Gly GCC expression in the suicide brain that is not driven by changes in m 5 C. Proteomics revealed increased expression of proteins with high glycine codon GGC content, demonstrating a strong association between isoacceptor-specific tRNA expression and proteomic outcomes in the suicide brain, which is in line with previous work linking tRNA Gly with alterations in glycine-rich proteins in a translational rodent model of depression. Further, we confirmed using a rodent model that tRNA Gly GCC overexpression was sufficient to increase the expression of proteins with high glycine codon GGC content that were upregulated in the suicide brain. By characterizing the effects of MDD-suicide in human PFC tissue, we now begin to elucidate a novel molecular signature with downstream consequences for psychiatric outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».