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Enregistrement W4406560916 · doi:10.1016/j.mex.2025.103177

A method for siRNA-mediated knockdown of target genes in RA-induced neurogenesis using P19 cells

2025· article· en· W4406560916 sur OpenAlexfundno aff
Hossein Khodadadi, Hiroaki Taniguchi

Notice bibliographique

RevueMethodsX · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Interference and Gene Delivery
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNarodowe Centrum Nauki
Mots-clésNeurogenesisGene knockdownGeneCell biologyBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This study presents a comprehensive protocol for siRNA-mediated knockdown in the differentiation of P19 cells into neuronal-like cells. Utilizing a retinoic acid (RA)-induced neurogenesis model, P19 cells were cultured under specific conditions that facilitated the formation of embryoid bodies (EBs), which were subsequently differentiated into neuronal-like cells. In this investigation, we specifically targeted the Nfe2l1 gene using siRNA transfection to assess the efficiency and effectiveness of our protocol throughout the neuronal differentiation process. Validation of the differentiation was performed through quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) analysis, measuring the expression levels of key neuronal markers, including Map2 and Pax6 along with the pluripotency marker Oct4. Additionally, the efficiency of the siRNA-mediated knockdown was confirmed by western blot analysis, which demonstrated significant gene silencing at protein levels. These findings underscore the potential of siRNA technology in elucidating gene function during neuronal differentiation and highlight the critical role of targeted gene silencing in advancing neurogenesis research. Furthermore, this study provides a robust and reliable protocol for gene knockdown in neuronal-like cells derived from P19 cells, thereby facilitating further investigations into the intricate molecular mechanisms that govern neurogenesis, neuronal maturation, and overall brain development.•Developed a novel protocol for targeted gene knockdown in P19 cells during neuronal differentiation.•Successful silencing of the Nfe2l1 gene during neuronal differentiation, validated by western blot.•This study provides a reliable protocol for gene knockdown in neuronal differentiation, aiding functional studies of genes in neurogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,363
Écart entre enseignants0,330 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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