Decoding the chicken gastrointestinal microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Metataxonomic studies have underpinned a vast understanding of microbial communities residing within livestock gastrointestinal tracts, albeit studies have often not been combined to provide a global census. Consequently, in this study we characterised the overall and common 'core' chicken microbiota associated with the gastrointestinal tract (GIT), whilst assessing the effects of GIT site, bird breed, age and geographical location on the GIT resident microbes using metataxonomic data compiled from studies completed across the world. Specifically, bacterial 16S ribosomal DNA sequences from GIT samples associated with various breeds, differing in age, GIT sites (caecum, faeces, ileum and jejunum) and geographical location were obtained from the Sequence Read Archive and analysed using the MGnify pipeline. Metataxonomic profiles produced across the 602 datasets illustrated the presence of 3 phyla, 25 families and 30 genera, of which core genera (defined by presence in over 90% of datasets) belonged to Lactobacillus, Faecalibacterium, Butyricicoccus, Eisenbergiella, Subdoligranulum, Oscillibacter, Clostridium & Blautia. PERMANOVA analysis also showed that GIT site, bird breed, age and geographical location all had a significant effect on GIT microbial diversity, regardless of dietary factors, which were not considered in this study. On a genus level, Faecalibacterium was most abundant in the caeca, Lactobacillus was most abundant in the faeces, ileum and jejunum, with the data showing that the caeca and faeces were most diverse. AIL F8 progeny, Ross 308 and Cobb 500 breeds GIT bacteria were dominated by Lactobacillus, and Eisenbergiella, Megamonas and Bacteroides were most abundant amongst Sasso-T451A and Tibetan chicken breeds. Microbial communities within each GIT site develop with age, from a Lactobacillus and Streptococcus dominated community during the earlier stages of growth, towards a Faecalibacterium, Eisenbergiella, Bacteroides, Megamonas, and Lactobacillus dominated community during the later stages of life. Geographical locations, and thus environmental effectors, also impacted upon gastrointestinal tract microbiota, with Canadian and European datasets being dominated by Lactobacillus, whilst UK and Chinese datasets were dominated by Eisenbergiella and Bacteroides respectively. This study aids in defining what 'normal' is within poultry gastrointestinal tract microbiota globally, which is imperative to enhancing the microbiome for productive and environmental improvements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».