Evidence that ARK2N is not a core factor in transcription-coupled DNA repair
Notice bibliographique
Résumé
DNA lesions can obstruct RNA polymerase II (RNAPII) during transcription elongation.Stalling of RNAPII at transcriptionblocking lesions triggers transcription-coupled DNA repair (TCR), starting with the recognition of stalled RNAPII by the CSB repair factor ( 1 ).However, the mechanisms underlying CSB's specific recognition of DNA-damage-stalled RNAPII and the stabilization of this interaction remain unclear.A recent study by Luo et al. suggests that ARK2N (C18orf25/ARKL1), in partnership with the Casein Kinase 2 (CK2) complex, may initiate TCR by enhancing the interaction between CSB and DNA-damage-stalled RNAPII ( 2 ).To investigate the role of ARK2N in TCR, we generated four clonal ARK2N-knockout (KO) cell lines in RPE1-hTERT cells using two different crRNAs: crRNA-21 from the Toronto KnockOut (TKOv3) library ( 3 ) and crRNA-22 as described by Luo et al. ( 2 ).The generated ARK2N-KOs were validated through Sanger sequencing, which confirmed out-of-frame indel formation ( Fig. 1A ), and western blotting ( Fig. 1B ).To try and confirm the described interaction between ARK2N and CSB ( 2 ), we performed western blotting following coimmunoprecipitation (co-IP) using an ARK2N antibody in cells UVirradiated 1 h before harvesting.Consistent with earlier reports ( 2 , 4 ), we observed an interaction between ARK2N
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».