Molecular Markers Specific for the Pseudomonadaceae Genera Provide Novel and Reliable Means for the Identification of Other Pseudomonas Strains/spp. Related to These Genera
Notice bibliographique
Résumé
Background/Objectives: Taxon-specific conserved signature indels (CSIs) exhibit a strong predictive ability of being found in other members of specific taxa/genera. Recently, multiple exclusively shared CSIs were identified for several newly described Pseudomonadaceae genera (viz. Aquipseudomonas, Atopomonas, Caenipseudomonas, Chryseomonas Ectopseudomonas, Geopseudomonas, Halopseudomonas, Metapseudomonas, Phytopseudomonas, Serpens, Stutzerimonas, Thiopseudomonas, and Zestomonas). This study examines the potential applications of these CSIs for identifying other Pseudomonas spp. (strains) related to these genera. Methods: This work utilized the AppIndels.com server, which uses information regarding the presence of known taxon-specific CSIs in a genome for predicting its taxonomic affiliation. For this purpose, sequence information for different CSIs specific for the Pseudomonadaceae species/genera were added to the server’s database. Results: The AppIndels server was used to predict the taxonomic affiliation of 1972 genomes of unclassified Pseudomonas spp. (strains/isolates). Based upon finding a significant number of CSIs matching a specific taxon, the AppIndels server made positive predictions regarding the taxonomic affiliation of 299 examined genomes into the following clades/genera: Pseudomonas sensu stricto clade (46), Pseudomonas aeruginosa (64), Ectopseudomonas (46), Chryseomonas (32), Stutzerimonas (31), Metapseudomonas (22), Aquipseudomonas (21), Phytopseudomonas (17), Halopseudomonas (9), Geopseudomonas (4), Thiopseudomonas (3), Serpens (2), and Caenipseudomonas and Zestomonas (1 each). Phylogenetic studies confirmed that the taxonomic predictions by the server were 100% accurate. Conclusions: Our results demonstrate that the CSIs specific for Pseudomonadaceae species/genera, in conjunction with the AppIndels server, provides a novel and useful tool for identifying other species/strains affiliated with these species/genera. Phylogenetic studies suggest that many examined Pseudomonas strains constitute novel species in the indicated genera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».