Genome-wide SNP-based relationships improve genetic parameter estimates and genomic prediction of growth traits in a large operational breeding trials of <i>Pinus taeda</i> L.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract High-precision estimation of genetic parameters of growth traits is a fundamental requisite for effective selection of individuals to advance breeding cycles and support continued genetic gain in tree improvement. Due to the lack of efficient large-scale cloning techniques of adult trees, plantation forestry of Pinus taeda relies mostly on genetically improved families deployed by seed or clonally propagated from juvenile tissue. The accuracy of genetic parameter estimation is a direct function of the precision by which the genetic relatedness of individuals is measured. To this end, modern tree breeding has increasingly used high-density DNA markers to capture the realized genetic relatedness among individuals into a genomic relationship matrix (GRM) instead of the standard pedigrees. This study aimed to assess the impact of GRM in improving parameter estimation in an operational P. taeda network of progeny trials in southern Brazil. A total of 35 820 individuals from 332 open-pollinated families were measured for growth traits at age five, and 917 of them were genotyped with the Pita50K SNP array. Pedigree-best linear unbiased prediction (ABLUP) and single-step genomic BLUP (ssGBLUP) models were compared for parameter estimates and predictions of individual tree and family genetic values. Estimates of narrow-sense heritability (${h}_i^2$) were moderate to high, varying between 0.46 for height and 0.68 for diameter at breast height using both ABLUP and ssGBLUP models. Additive genetic correlations among trials indicated low magnitude genotype by environment interaction across trials. Preliminary estimates of genomic predictive ability ranged from 0.34 for height to 0.46 for volume using an RRBLUP model applied exclusively to the genotyped trees. Genotyping a relatively small portion of progeny individuals provides improved accuracies in selecting individuals and families opening the possibility of clonally propagating them from juvenile tissue for large-scale deployment of P. taeda clonal plantations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».