Whole-genome sequencing of <i>Salmonella</i> serovars isolated from diarrheic and non-diarrheic foals
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella spp. are important pathogens of foals, causing clinical enterocolitis and sepsis. We characterized the resistance, virulence, and stress response genes in Salmonella isolates from foals with or without diarrhea. Salmonella isolates ( n = 23) recovered from fecal samples of 16 diarrheic and 7 non-diarrheic <1-y-old foals were subjected to whole-genome sequencing. The most common serovars detected in diarrheic foals were S. enterica subsp. enterica serovars Infantis and Minnesota. Multidrug resistance was observed in 9 of 23 isolates, with 8 of the 9 from diarrheic foals. All of the isolates contained at least 2 resistance genes, with most of the genes related to the multidrug efflux pump complex. Among the 9 isolates shown to be resistant to β-lactam antimicrobials, at least one antimicrobial resistance gene (ARG) related to the inactivation of these antimicrobials was observed ( bla TEM-1 , bla CMY-2 , bla CTX-M-8 ). Among the 7 isolates resistant to the quinolone class, 3 contained ARGs ( qnrB19 , qnrB6 ). The occurrence of multidrug-resistant isolates, particularly among foals with diarrhea, and the zoonotic potential of Salmonella species, highlight the importance of implementing biosecurity measures on the studied farms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».