Structural Basis for the Improved RNA Clamping of Amidino-Rocaglates to eIF4A1
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Eukaryotic initiation factor 4A-1 (eIF4A1) is an ATP-dependent RNA helicase that unwinds 5′-UTR mRNA secondary structures to facilitate cap-dependent translation initiation. Rocaglates, a class of natural products typified by rocaglamide A (RocA), possess antineoplastic and anti-infectious activity mediated by their interaction with eIF4A1. Rocaglates inhibit cap-dependent translation initiation by “clamping” eIF4A1 onto polypurine RNA, which impedes ribosome scanning. A novel class of rocaglate derivatives, amidino-rocaglates (ADRs) which feature an amidine ring fused to the rocaglate core, is particularly effective at promoting eIF4A1–RNA-clamping compared to other rocaglate congeners. Herein, we present the X-ray crystal structure of an ADR in complex with eIF4A1, the nonhydrolyzable ATP ground-state mimic adenylyl-imidodiphosphate (AMPPNP), and poly r(AG) 5 RNA refined to 1.69 Å resolution. The binding pose and interactions of the ADR with eIF4A1 do not differ substantially from those of RocA, prompting an investigation of the basis for enhanced target engagement. Computational modeling suggests that the rigidified ADR scaffold is inherently preorganized in an eIF4A1–RNA binding-competent conformation, thereby avoiding entropic penalties associated with RocA binding. This study illustrates how conformational rigidification of the rocaglate scaffold can be leveraged to improve potency for the development of rocaglates as potential anticancer and anti-infectious agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».