Genome-wide association study of susceptibility to acute respiratory distress syndrome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is a severe inflammatory process of the lung, often due to sepsis, and poses significant mortality burden in intensive care units. Here we conducted the largest genome-wide association study (GWAS) of sepsis-associated ARDS to identify novel genetic risk loci that can help guide the development of new therapeutic options. Methods We performed a case-control GWAS in 716 patients with sepsis-associated ARDS and 4,399 at-risk sepsis controls from three independent studies. Results were meta-analysed across the three studies, with significance set at p <5×10 -8 . Suggestive associations were declared for variants exhibiting consistent effects, likely to replicate and nominal significance ( p <0.05) in all three studies. Prioritised loci were subjected to Bayesian fine mapping, in-silico functional assessments, and gene-based rare variant collapsing analysis using whole exome sequencing (WES) data. Two independent studies with 430 ARDS cases and 1,398 controls served as replication samples. Results We identified a variant showing genome-wide significant association with sepsis-associated ARDS risk intergenic to ANKRD31 and HMGCR , previously linked to cholesterol metabolism. Suggestive associations were found for eight other variants. The rare exonic variant analysis showed associations between HMGCR and POC5 and sepsis-associated ARDS at nominal level ( p <0.05). While no nominal significance was achieved in the two additional validation cohorts, three variants exhibited a consistent direction of effects across all 5 studies. Conclusion A common variant intergenic to ANKRD31 and HMGCR was associated with sepsis-associated ARDS risk, suggesting a link between cholesterol metabolism and ARDS risk. Validation in independent studies is needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».