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Enregistrement W4407632561 · doi:10.1038/s41467-025-56855-1

Copy number variants and the tangential expansion of the cerebral cortex

2025· article· en· W4407632561 sur OpenAlexafffund
Zhijie Liao, Kuldeep Kumar, Jakub Kopál, Guillaume Huguet, Zohra Saci, Martineau Jean‐Louis, Zdenka Pausová, Igor Jurišica, Carrie E. Bearden, Sébastien Jacquemont, Tomáš Paus

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensDiscovery CentreHospital for Sick ChildrenUniversity Health NetworkSickKids FoundationMila - Quebec Artificial Intelligence InstituteUniversity of TorontoMcGill UniversityUniversité de MontréalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesNational Institute on Drug AbuseNational Center for Mental HealthMedical Research CouncilNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthCentre Hospitalier Universitaire VaudoisNational Institute of Mental HealthFondation pour la Recherche MédicaleMission Interministérielle de Lutte Contre les Drogues et les Conduites AddictivesScience Foundation IrelandFondation Brain CanadaEuropean CommissionCIHR Skin Research Training CentreFondation de FranceBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchHealth and Care Research WalesDeutsche ForschungsgemeinschaftSouth London and Maudsley NHS Foundation TrustGovernment of CanadaSimons Foundation Autism Research InitiativeCompute CanadaKing's College LondonInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungWellcome TrustFondation de l'Avenir pour la Recherche Médicale AppliquéeAgence Nationale de la RechercheFédération pour la Recherche sur le CerveauHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clésCerebral cortexCopy-number variationBiologyNeuroscienceGeneticsComputational biologyGenomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The tangential expansion of the human cerebral cortex, indexed by its surface area (SA), occurs mainly during prenatal and early postnatal periods, and is influenced by genetic factors. Here we investigate the role of rare copy number variants (CNVs) in shaping SA, and the underlying mechanisms, by aggregating CNVs across the genome in community-based cohorts (N = 39,015). We reveal that genome-wide CNV deletions and duplications are associated with smaller SA. Subsequent analyses with gene expression in fetal cortex suggest that CNVs influence SA by interrupting the proliferation of neural progenitor cells during fetal development. Notably, the deletion of genes with strong (but not weak) coexpression with neural progenitor genes is associated with smaller SA. Follow up analyses reveal similar mechanisms at play in three clinical CNVs, 1q21.1, 16p11.2 and 22q11.2. Together, this study of rare CNVs expands our knowledge about genetic architecture of human cerebral cortex. Variation in cortical surface area in adults can reflect developmental events occurring during prenatal and early postnatal periods. Here, the authors find rare copy number variants associated with cortical surface area, which are also found to disrupt neural progenitor proliferation during fetal development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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