Genomic diversity and evolutionary patterns of Edwardsiella ictaluri affecting farmed striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) in Vietnam over 20 years
Notice bibliographique
Résumé
Edwardsiella ictaluri continues to pose a significant risk to the health and production of striped catfish ( Pangasianodon hypophthalmus ) in Vietnam. Whilst recent advances in genomic sequencing provide an insight into the global genomic diversity of this important fish pathogen, genome-wide analysis of Vietnamese isolates recovered over time is lacking. In this study, we used a whole-genome sequencing approach to compare the genomes of 31 E. ictaluri isolates recovered over a 20-year period (2001–2021) and performed comparative genomic analysis to explore temporal changes in genome diversity, population structure and mechanisms driving pathogenesis and antimicrobial resistance. Our findings revealed an open pan-genome with 4148 genes and a core genome (3 060 genes) accounting for over two-thirds of the genome. Moreover, we found the genomes sequenced to classify into two distinct lineages and estimated the ancestral origin of these lineages within Vietnam to date back to the 1950s. Plasmids were highly prevalent in Vietnamese E. ictaluri , with isolates harbouring up to four plasmids within their genome. Further, a diverse mobilome was observed with nine different plasmid types detected across the genome collection. Exploration of putative plasmids revealed a diverse set of antimicrobial resistance genes (ARGs) against key antibiotics used in Vietnamese aquaculture and virulence genes associated with protein secretion systems. Correlation analysis revealed the total number of ARGs detected in genomes to increase with isolate recovery time. Whilst the number of virulence genes remained relatively stable, temporal variation was noted in several virulence factors related to motility and immune system modulation. Findings from this study highlight the need for continued genomic surveillance to monitor changes in antimicrobial resistance and pathogenesis, to help inform the development of disease control and management strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».