Protocol for the purification and crystallization of the Drosophila melanogaster Cfp1PHD domain in complex with an H3K4me3 peptide
Notice bibliographique
Résumé
The tri-methylation of histone H3 on K4 (H3K4me3) is a key epigenetic modification that is predominantly found at active gene promoters and is deposited by the complex of proteins associated with SET1 (COMPASS). CXXC zinc finger protein 1 (Cfp1) regulates this process by recruiting SET1 to chromatin and recognizing H3K4me3 via its plant homeodomain (Cfp1 PHD ). Here, we present a protocol for the purification and crystallization of the Drosophila melanogaster Cfp1 PHD domain in complex with an H3K4me3 peptide (PDB: 9C0O). We describe steps for obtaining highly pure Cfp1 PHD and diffraction-quality crystals. We then detail procedures for rapidly identifying crystals containing the H3K4me3-bound form of the Cfp1 PHD domain. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Grégoire et al. 1 • Production and purification of Cfp1 PHD using affinity chromatography • Crystallization and structure determination of Cfp1 PHD • Detailed troubleshooting to solve the H3K4me3-bound form of Cfp1 PHD • Structural characterization of Cfp1 PHD bound to H3K4me3 Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. The tri-methylation of histone H3 on K4 (H3K4me3) is a key epigenetic modification that is predominantly found at active gene promoters and is deposited by the complex of proteins associated with SET1 (COMPASS). CXXC zinc finger protein 1 (Cfp1) regulates this process by recruiting SET1 to chromatin and recognizing H3K4me3 via its plant homeodomain (Cfp1 PHD ). Here, we present a protocol for the purification and crystallization of the Drosophila melanogaster Cfp1 PHD domain in complex with an H3K4me3 peptide (PDB: 9C0O). We describe steps for obtaining highly pure Cfp1 PHD and diffraction-quality crystals. We then detail procedures for rapidly identifying crystals containing the H3K4me3-bound form of the Cfp1 PHD domain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,039 | 0,027 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».