Fine mapping and identification of causal alleles at the Ur-11 locus controlling rust resistance in common bean (Phaseolus vulgaris L.)
Notice bibliographique
Résumé
The Middle American rust resistance gene Ur-11 present in common bean (Phaseolus vulgaris L.) confers resistance to all but one known race of the pathogen Uromyces appendiculatus (Pers.) Unger. Even though progress has been made in understanding the host-pathogen interactions between common bean and U. appendiculatus, the causal alleles of the majority of rust resistance loci, including Ur-11, remain unknown. A genome-wide association study (GWAS) was conducted to identify genomic regions associated with resistance to the U. appendiculatus race 31-22, which is avirulent to Ur-11 but virulent to other Middle American rust resistance genes. GWAS using genotypic data consisting of approximately 70,959 SNP markers and phenotypic data based on the median reaction type (1-9 scale) of a panel of 357 Middle American breeding lines and cultivars, plus 5 germplasm lines with the Ur-11 locus derived from PI 181996, located Ur-11 on chromosome Pv11. Twenty-seven SNP markers clustered in the 55.16-55.56 Mb region of the P. vulgaris UI111 reference. Multiple DNA sequence alignments detected a missense mutation [c.1,328A > G] in the PvUI111.11G202400 gene model that encodes a leucine-rich repeat-containing protein in response to race 31-22. A PCR allele competitive extension marker (PACE) was developed and tested across a panel of ~ 700 Middle American dry bean genotypes. No recombination event was observed for the PACE marker among the tested genotypes; suggesting that the polymorphism on which it is based is very close to or in the Ur-11 gene. This PACE marker will be a useful and reliable marker for marker-assisted selection of Ur-11-based resistance to bean rust.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».