A role for NFIB in <i>SOX2</i> downregulation and epigenome accessibility changes due to long-term estrogen treatment of breast cancer epithelial cells
Notice bibliographique
Résumé
Estrogen (E2) regulates the differentiation and proliferation of mammary progenitor cells by modulating the transcription of multiple genes. One of the genes that is downregulated by E2 is SOX2, a transcription factor associated with stem and progenitor cells that is overexpressed during breast tumourigenesis. To elucidate the mechanisms underlying E2-mediated SOX2 repression, we investigated epigenome and transcriptome changes following short- and long-term E2 exposure in breast cancer cells. We found that short-term E2 exposure reduces chromatin accessibility at the downstream SOX2 SRR134 enhancer, decreasing SOX2 expression. In contrast, long-term E2 exposure completely represses SOX2 transcription while maintaining accessibility at the SRR124–134 enhancer cluster, keeping it poised for reactivation. This repression was accompanied by widespread epigenome and transcriptome changes associated with commitment towards a more differentiated and less invasive luminal phenotype. Finally, we identified a role for the transcription factor NFIB in this process, suggesting it collaborates with the estrogen receptor to mediate SOX2 repression and genome-wide epigenome accessibility changes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».