Breast cancer multigene germline panel testing in mainstream oncology based on clinical-public health utility (cancer mortality benefit): ESMO Precision Oncology Working Group recommendations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background With widening therapeutic indications, germline genetic testing is offered to an increasing proportion of patients with breast cancer (BC) via mainstream oncology services. However, the gene set tested varies widely from just BRCA1/BRCA2 through to ‘pan-cancer’ panels of near 100 genes. If a germline pathogenic variant (GPV) is detected, the BC proband and other family GPV-carriers may be offered interventions such as risk-reducing surgery and decades of intensive surveillance for the various cancers linked to that gene. Methods ESMO’s Precision Oncology Working Group established an international expert group in breast cancer germline genetics. This group firstly established a framework of criteria by which to evaluate each breast cancer susceptibility gene (BCSG) for inclusion on a breast cancer multigene panel test (BC-MGPT) for universal mainstream testing for BC cases. Next the panel scored BCSGs for gene utility regarding (i) BC risk estimation, (ii) clinical actionability (iii) evidence of impact on cancer-specific mortality (and/or morbidity). Results The group agreed genes should be included on the BC-MGPT based on potential cancer-specific mortality (and/or morbidity) benefit. Judged as of high or moderate utility on this basis were 7 genes: BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D and TP53 (for BC diagnosed <40 years), with BRIP1 later added. Whilst potentially informative for BC risk estimation, CHEK2 and ATM were judged to offer insufficient evidence for improving cancer-specific mortality. The expert group recommended strongly against inclusion of ‘syndromic’ genes such as STK11, PTEN, NF1 and CDH1 . Conclusion With expanded germline testing in patients with BC (and cascade testing into families), the number and nature of resultant GPV carriers identified will be dictated by the genes included on the upfront BC-MGPT. The potential harms, opportunity and economic costs of decades of surveillance of multiple organs and risk-reducing surgeries should be outweighed by strong evidence of meaningful benefit, improved cancer-specific mortality (and/or morbidity). Highlights ESMO expert panel settled a list of genes for inclusion on a BC-MGPT based on potential cancer-specific mortality benefit This BC-MGPT should include 7 genes: BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, RAD51D, BRIP1 and TP53 (for BC diagnosed <40 years) This BC-MGPT would service urgent diagnostic mainstreaming germline testing requirements for all eligible BC cases ‘Syndromic’ genes such as STK11, PTEN, NF1 and CDH1 should only be tested downstream post expert review in a minority of BC The mortality benefit was deemed equivocal for ATM and CHEK2 , being primarily of intermediate penetrance for ER-positive BC
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,097 | 0,115 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,005 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,010 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,019 | 0,012 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».