Phylogeny of multiple genomic regions of infectious laryngotracheitis virus in Turkish poultry flocks
Notice bibliographique
Résumé
Infectious laryngotracheitis (ILT) is an economically significant respiratory tract viral disease affecting poultry worldwide. There is a scarcity of data on the types of ILTV strains circulating in Turkey. This study aimed to determine the frequency and genotypic variations of Turkish ILTV strains. Commercial layer flocks (n = 14) and broiler flocks (n = 105) with a history of respiratory diseases were visited. From each flock, 5 to 10 birds from different age groups were necropsied. Clinical and pathological lesions were recorded, and tracheal tissue samples were collected for further studies. Nucleic acid was extracted from samples and subjected to ILTV detection using PCR assays. Clinical signs of anorexia, lethargy, swollen eyelids, mild to severe conjunctivitis, mucoid to purulent nasal discharge, and a drop in egg production were generally observed among ILTV-infected flocks. Pathological lesions, including conjunctivitis, mucoid to purulent sinusitis, and hemorrhagic tracheitis, were observed during necropsy. Among 119 flocks (14 layers and 105 broiler) analyzed in this study, 17 (17/119, 14.28 %) flocks were found positive for ILTV infection by PCR. Of the 17 ILTV-positive samples, 15 could be sequenced successfully for partial gB, gG, and ICP4 genes. Comparative analysis of partial ICP4 gene nucleotides revealed a unique 18 bp insertion "GCGGTTCTTGCGGTTGTT" among ILTV strains. Two nucleotide substitutions were observed in gB gene sequences at positions 5 (T to C) and 488 (A to G), resulting in amino acid substitutions at positions 2 (I to T) and 163 (K to R). Phylogenetic analysis of the gB gene revealed a close clustering (Cluster I) between ILTV strains from this study and those reported from China, Australia, and the USA. Phylogenetic analysis of gG gene sequences showed a close relation to ILTV strains from Russia, China, Canada, the USA, and Italy. No recombination events were observed among the partial sequences of ILTV genes analyzed in this study. Findings of this study show that ILTV infections are frequent in Turkish poultry flocks and contribute to our understanding of the genomic variations in gB, gG and ICP4 genes of ILTV which might help to mitigate ILTV infections in Turkey.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».