A zebrafish model of crim1 loss of function has small and misshapen lenses with dysregulated clic4 and fgf1b expression
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Heterozygous deletions predicting haploinsufficiency for the Cysteine Rich Motor Neuron 1 (CRIM1) gene have been identified in two families with macrophthalmia, colobomatous, with microcornea (MACOM), an autosomal dominant trait. Crim1 encodes a type I transmembrane protein that is expressed at the cell membrane of lens epithelial and fiber cells at the stage of lens pit formation. Decreased Crim1 expression in the mouse reduced the number of lens epithelial cells and caused defective adhesion between lens epithelial cells and between the epithelial and fiber cells. Methods We present three patients with heterozygous deletions and truncating variants predicted to result in haploinsufficiency for CRIM1 as further evidence for the role of this gene in eye defects, including retinal coloboma, optic pallor, and glaucoma. We used Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)/Cas9 to make a stable Danio rerio model of crim1 deficiency, generating zebrafish that were homozygous for a 2 basepair deletion, c.339_340delCT p.Leu112Leufs*, in crim1. Results Homozygous, crim1−/− larvae demonstrated smaller eyes and small and misshapen lenses compared to controls, but we did not observe colobomas. Bulk RNA-Seq using dissected eyes from crim1−/− larvae and controls at 72 h post fertilization showed significant downregulation of crim1 and chloride intracellular channel 4 (clic4) and upregulation of fibroblast growth factor 1b (fgf1b) and complement component 1, q subcomponent (c1q), amongst other dysregulated genes. Discussion Our work strengthens the association between haploinsufficiency for CRIM1 and eye defects and characterizes a stable model of crim1 loss of function for future research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».