Exploring the Utility of the Gut Microbiome as a Longitudinal Health Monitoring Tool in Sanctuary Chimpanzees (<i>Pan troglodytes</i>)
Notice bibliographique
Résumé
The primary goal of captive primate management is to ensure optimal health and welfare of the animals in our care. Given that the gut microbiome interacts closely with host metabolism, immunity, and even cognition, it represents a potentially powerful tool for identifying subtle changes in health status across a range of body systems simultaneously. However, thus far, it has not been widely tested or implemented as a monitoring tool. In this study, we used longitudinal microbiome sampling of newly arrived chimpanzees at Chimp Haven to explore the feasibility of using the gut microbiome as a health and welfare biomarker in a sanctuary environment. We also tested the hypothesis that a transition to a new living environment, and integration into new social groupings, would result in temporal changes in chimpanzee gut microbiome composition. The collection of longitudinal microbiome data at Chimp Haven was feasible, and it revealed temporal shifts that were unique to each individual and, in some cases, correlated to other known impacts on health and behavior. We found limited evidence for microbial change over time after arrival at Chimp Haven that was consistent across individuals. In contrast, social group and enclosure, and to a lesser extent, age and sex, were associated with differences in gut microbiome composition. Microbiome composition was also associated with overall health status categories. However, many of the effects we detected were most apparent when using longitudinal data, as opposed to single time point samples. Additionally, we found important effects of technical factors, specifically outdoor temperature and time to collection, on our data. Overall, we demonstrate that the gut microbiome has the potential to be effectively deployed as a tool for health and environmental monitoring in a population of sanctuary chimpanzees, but the design must be carefully considered. We encourage other institutions to apply these approaches and integrate health and physiology data to build on the utility of gut microbiome analysis for ensuring the welfare of captive primates in a range of contexts.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».