Development of a Triplex Quantitative PCR System for the Detection of <i>Parastagonospora nodorum</i> , <i>Zymoseptoria tritici</i> , and <i>Pyrenophora tritici-repentis</i> from Wheat
Notice bibliographique
Résumé
A triplex quantitative PCR (qPCR) system was developed for the simultaneous detection of the three most prevalent wheat leaf spot diseases: Septoria nodorum blotch caused by Parastagonospora nodorum, Septoria tritici blotch caused by Zymoseptoria tritici, and tan spot caused by Pyrenophora tritici-repentis. In this system, the primer set for P. tritici-repentis targets a species-specific multicopy genomic region, whereas the primer sets for the other two pathogens target the ribosomal DNA (rDNA) region. The specificity of the system was validated through sequence analysis using the currently available database and by testing against 24 DNA samples from nontarget species. Sensitivity testing on serial DNA dilutions from the three target species demonstrated that the system can detect as little as 2 fg of DNA of each species in a 20-μl reaction. For P. nodorum, the system was capable of detecting DNA extracted from a conidia suspension containing as few as 100 conidia. The system was further evaluated on 145 wheat leaf samples (45 symptomatic and 100 asymptomatic) collected from various fields in Alberta, Canada. At least one of the three pathogens was detected in 112 out of the 145 samples, with P. nodorum and/or P. tritici-repentis identified in 74 of the 100 asymptomatic samples. This triplex qPCR system offers a powerful tool for the diagnosis of wheat leaf spot diseases, surveillance, breeding for disease resistance, and research in epidemiology, population genetics, and host-pathogen interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».