The application of a viability real-time PCR assay to detect viable Salmonella spp. in diarrheal stools: A spiked-stool study
Notice bibliographique
Résumé
Viability PCR (vPCR) is a development of real-time PCR where, a viability dye is used to irreversibly remove DNA from compromised or dead cells to selectively amplify live cell DNA. A vPCR assay using PMAxx™ as the viability dye was tested on Salmonella Enteritidis-spiked diarrheal stools to study the effects of stool concentration (5, 10 and 20 %) and PMAxx™ treatment conditions on the vPCR assay. Three replicates were used for each stool concentration, stool type and spiked cell concentration. A higher PMAxx™ concentration or an extended dark incubation time did not improve (heat-killed) HK-cell removal (Ct values for 100 μM/10 min vs 200 μM/30 min were 29.3 ± 1.6 vs 28.7 ± 0.9 for pooled liquid stool and 30.0 ± 1.3 vs 28.0 ± 1.4 for pooled semi solid stools respectively for 10 8 CFU/mL HK-cells). Spiked pooled liquid stool consisted of less stool matter and HK-cell DNA removal (Ct values ∼22, 28, 32 for 10 9 , 10 8 , and 10 7 CFU/mL) and live cell DNA detection (Ct values ∼16, 22, 30 for 10 8 , 10 6 , and 10 4 CFU/mL) was similar across the 3 stool concentrations. On the other hand, more stool matter in spiked pooled semi solid stool interfered with the vPCR assay and removed less HK-cell DNA (Ct values ∼27 vs 31 for 5 % vs 20 % stools with 10 8 CFU/mL) and detected less live cell DNA (Ct values ∼26 vs 21 for 5 % vs 20 % stools with 10 6 CFU/mL) at higher stool concentrations. Consequently, 5 % stool suspensions served best for spiked stool experiments overall to minimize false positive and false negative results. Although the Salmonella spp. positive stool (n = 20) concentration did not significantly affect the PCR or vPCR results overall, comparisons between stool concentrations of each stool showed better vPCR assay performance at low soft solid stool concentrations, i.e 5 %. Small sample size with focus on a single enteric pathogen and considering 2 types of stool consistencies are limitations of this study. This study explored the opportunity of using vPCR as a viability assessment tool when culture confirmation is unavailable in a clinical diagnostic world. • Viability real-time PCR can assess bacterial pathogen viability in clinical stools. • Stool matter and consistency can interfere with the PCR and vPCR assay performance. • Low spiked-stool concentrations (5 %) minimized false positives and false negatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».