Gene expression analysis of carbohydrate catabolism in <i>Leucoagaricus gongylophorus</i> LEU18496
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Transcriptomic profiles were obtained by RNA-seq of Leucoagaricus gongylophorus growing on two carbon sources (glucose and cellulose) during different growth phases (exponential and stationary) with the aim of analyzing the variations in metabolism depending on the substrate and/or growth state. Principal component analysis (PCA) showed that 99.5% of the variation in gene expression is related to the substrate (PC1), clearly separating the experimental conditions, while the differences between growth phases are reflected in secondary components (PC2). Special attention was paid to the differential expression of CAZymes and FOLymes enzymes, demonstrating that, during the exponential phase of cellulose culture, there is an overexpression of enzymes from the GH6 and GH7 families (cellulases and cellobiosehydrolases), related to the degradation of complex polysaccharides such as cellulose. During the exponential phase of growth on glucose, expression of CAZymes enzymes ( β -glucosidase, pectinase and endo- β -1,3-glucanase) was observed, in addition to an overexpression of laccases in this carbon source. Enrichment analysis identified significantly enriched functions related to carbohydrate catabolism and transport, evidence of the metabolic versatility of L. gongylophorus . High expression of the creA repressor factor was found in the presence of glucose, suggesting its regulatory role in the modulation of carbohydrate degradation. In the stationary phase, genes related to the response to oxidative stress and nutrient solubilization were activated under glucose, in contrast to cellulose, where the activation of secondary metabolism pathways was promoted, including the overexpression of trichodiene synthase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».