A promising novel strain of L. reuteri DSM20016 as a chassis for synthetic biology applications
Notice bibliographique
Résumé
Limosilactobacillus reuteri strain DSM 20016 is specialised to colonize the human gut for much longer than other L. reuteri strains and most other Lactobacillaceae family members. These adaptations, along with its safe-to-consume food status and public acceptance as a probiotic, make it an attractive chassis for synthetic biology endeavours aimed at introducing novel functions into the gut microbiome, including feedback systems for sensing disease state and therapeutic applications for remedying chronic disorders. Here, we perform whole-genome sequencing and present a novel variant of L. reuteri DSM 20016 (now denoted “LAD4” in this work; DSMZ repository number 116333) with mutations that disrupt DNA restriction-modification and cell wall regulation; these appear to enable increased uptake of the PAMβ1-origin low copy-number plasmid pTRKH3. Additional mutations include genes involved in protein degradation ability, alkaline shock responses, and a mobile genetic element transfer. One of these mutations, or some combination of them, enables stable, consistent production and detection, without the need to buffer media, of the acid-resistant reporter protein mCherry2. This novel variant, in combination with the pTRKH3 plasmid backbone, will enable researchers to more easily utilize this uniquely positioned microbe, which was previously limited by inconsistent reporter protein production and unreliable growth characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».