Sediment eDNA metabarcoding reveals the endemism in benthic foraminifera from Arctic methane cold seepages
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Benthic foraminifera are one of the major groups of eukaryotes living at cold seeps on the Arctic seafloor. However, their distribution and endemicity in these habitats have been largely debated. It is still unclear whether foraminiferal species commonly found in cold seeps differ genetically from those in deep-sea environments, and to what extent the seep community is distinct. To address these questions, we analyzed sediment DNA metabarcoding data specifically targeting foraminifera in different deep-water cold seep microhabitats (microbial mats, siboglinid tubeworms field) and reference sites within and outside the seep. Our results revealed microhabitat specificity among benthic foraminifera species. Microbial mats were dominated by a unique type of rDNA sequences assigned to a new lineage of monothalamid (single-chambered) foraminifera not previously reported from any other Arctic location. Other foraminiferal species were found across both seeps and reference stations. This study shows the presence of an endemic benthic foraminiferal species at cold seeps and confirms the existence of many common opportunistic species.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle