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Enregistrement W4409153003 · doi:10.1016/j.celrep.2025.115499

A global collaboration for systematic analysis of broad-ranging antibodies against the SARS-CoV-2 spike protein

2025· article· en· W4409153003 sur OpenAlexaff
Sharon L. Schendel, Xiaoying Yu, Peter Halfmann, Jarjapu Mahita, Brendan Ha, Kathryn M. Hastie, Haoyang Li, Daniel Bedinger, Camille Troup, Kan Li, Natalia A. Kuzmina, Jordi B. Torrelles, Jennifer E. Munt, Mary Osei-Twum, Heather Callaway, Stephen T. Reece, Anne Palser, Paul Kellam, S. Moses Dennison, Richard H.C. Huntwork, Gillian Q. Horn, Milite Abraha, Elizabeth Feeney, Luis Martínez‐Sobrido, Paula A. Pino, Amberlee Hicks, Chengjin Ye, Billie Maingot, Sivakumar Periasamy, Michael L. Mallory, Trevor Scobey, Marie-Noelle Lepage, Natalie St-Amant, S. Khan, Anaïs Gambiez, Ralph S. Baric, Alexander Bukreyev, Luc Gagnon, Timothy Germann, Yoshihiro Kawaoka, Georgia D. Tomaras, Bjoern Peters, Erica Ollmann Saphire

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensNexen (Canada)
Organismes subventionnairesOtsuka PharmaceuticalShionogiNational Institutes of HealthGHR FoundationBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésSpike ProteinSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Spike (software development)AntibodyVirologySars virusRangingCoronavirus disease 2019 (COVID-19)2019-20 coronavirus outbreakBiologyComputational biologyMedicineComputer scienceImmunologyOutbreakInternal medicineInfectious disease (medical specialty)Telecommunications

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Coronavirus Immunotherapeutic Consortium (CoVIC) conducted side-by-side comparisons of over 400 anti-SARS-CoV-2 spike therapeutic antibody candidates contributed by large and small companies as well as academic groups on multiple continents. Nine reference labs analyzed antibody features, including in vivo protection in a mouse model of infection, spike protein affinity, high-resolution epitope binning, ACE-2 binding blockage, structures, and neutralization of pseudovirus and authentic virus infection, to build a publicly accessible dataset in the database CoVIC-DB. High-throughput, high-resolution binning of CoVIC antibodies defines a broad and predictive landscape of antibody epitopes on the SARS-CoV-2 spike protein and identifies features associated with durable potency against multiple SARS-CoV-2 variants of concern and high in vivo efficacy. Results of the CoVIC studies provide a guide for selecting effective and durable antibody therapeutics and for immunogen design as well as providing a framework for rapid response to future viral disease outbreaks.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,026
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,017
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,138

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0260,017
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0100,009
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0040,001
Science ouverte0,0020,005
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,352
Écart entre enseignants0,329 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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